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Bowtie

Burrows-Wheeler indexing BWT 는 주어진 string 의 reversible permutation이기 때문에, 처음에는 데이터 압축을 위해 개발 되었지만, BWT-based 인덱싱은 방대한 텍스트를 작은 양의 memory fottprint 만으로 찾아낼 수 있게 해준다. 이러한 특성 때문에 bioinformatics 에 적용된다. 텍스트 T의 Burrows-Wheeler transformation BWT(T) 는 아래 처럼 만들어진다. 위와 같이 되는 matrix 을 LF mapping 이라고 하는데 마지막 컬럼에서 문자 x의 i 번째 occurence 가 첫 번 째 컬럼에서도 i 번 째 x의 occurence 가 되기 때문이다. LF mapping 은 exact matching 에..

?? 2020. 6. 13. 20:51
protobuf

protobuf 는 Protocol Buffer 의 줄임말입니다. 어떤 데이터 구조(학생정보, 전화번호부)를 여러 컴퓨터끼리 주고받을 때, 필연적으로 이러한 데이터 구조를 포맷이 있는 바이너리로 저장하여 송신하고, 수신자에는 송신자와 협의된 포멧을 이용해서 다시 원래의 데이터로 구조화를 시켜야합니다. 그런데, 이런 문제는 듣기에는 serialize하면 끝나는 문제처럼 보이지만 아래와 같은 문제들이 있습니다. 1. 메모리에 적재된 데이터 구조는 바이너리 형식으로 전송되고 저장될 수 있지만, 서로 다른 메모리 레이아웃, 엔디안(리틀엔디안, 빅엔디안) 등등의 문제로 매우 fragile하다고 볼 수 있습니다. 또한 확장성에서도 좋지 않습니다 2. XML을 사용하는 경우, XML은 매우 human readable..

?? 2019. 12. 22. 20:48
gdb 유용한 명령어 정리

gdb assembly 를 intel 명령어로 보기 set dis intel 이 안되면 set disassembly-flavor intel step,next 할 때 assembly 코드 보고 따라가기 (gdb) display/i $pc

?? 2019. 5. 4. 22:24
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